Nacido en Debica (Polonia) en 1933, comenzó su formación musical estudiando composición con Franciszek Skolyszewski. En 1958 finalizó sus estudios en el Conservatorio de Cracovia, al que continuó ligado en los siguientes años como profesor y del que llegó a ser director en 1972. En el periodo comprendido entre 1966 y 1968 también impartió clases en el Volkwang Hochschule für Musik de Essen (Alemania) y entre 1972 y 1978 en la Universidad de Yale. En 1972 inició su carrera como director, y desde entonces se ha puesto al frente de las más importantes orquestas de todo el mundo.

Su presentación a escala internacional se produjo en 1959 en el Festival de Otoño de Varsovia con su obra "Strophen", uno de los tres trabajos por los que recibiría el primer premio del Concurso Nacional de Jóvenes Compositores. Las otras dos obras que fueron reconocidas con este galardón fueron "Salmos de David" y "Emanations". Ese mismo año compuso "Treno por las víctimas de Hiroshima", una de sus más conocidas composiciones y por la que consiguió el premio UNESCO. Durante los siguientes años estrenó con gran éxito varias obras. Entre ellas, el principal trabajo de toda su carrera, "Pasión según San Lucas", encargada para celebrar el 700 aniversario de la catedral alemana de Munster y estrenada en 1966. "Los demonios de Loudun" (1969) fue su primera ópera, a la que seguirían oratorios como el escrito en 1970 para la ONU, "Cosmogonia", "Te deum" (1980), "Concierto nº2 para violonchelo y orquesta" -estrenado en 1983 por la Filarmónica de Berlín y Mstislav Rostropovich-, "Benedicamus Domino" (1992) o "Las siete puertas de Jerusalén", que cerró la celebración de los 3.000 años de la ciudad.

Doctor honoris causa por distintas universidades, ha sido objeto de numerosos reconocimientos entre los que se encuentran varios premios Grammy y el premio al mejor compositor en el Midem Classique de Cannes (2000).